Le bon état écologique comprend le bon état morphologique ce qui correspond à l’état physique du cours d’eau. La restauration de la morphologie c’est l’action de redonner au cours d’eau son faciès le plus naturel possible (renaturation).
Lorsqu’un cours d’eau a subit des modifications plus ou moins lourdes par le passé, il n’assure plus autant toutes ses fonctionnalités, ainsi le vivant perd de sa résistance et de sa qualité. Ces modifications se traduisent le plus souvent par des remaniements du cheminement du cours d’eau : la rectification (le tracer en ligne droite), la dérivation (le sortir de son lit naturel), le recalibrage (approfondissement du lit). L’objectif de ces modifications étaient de maitriser les écoulements et contrôler le cheminement de l’eau mais ceci a pour conséquence des perturbations plus ou moins fortes (exemple : érosions anormales, intensification des inondations) et une baisse de la biodiversité aquatique.
Le Syndicat Mixte de l’Horn intervient sur les cours d’eau modifiés pour les renaturer. Les opérations les plus courantes sont : la remise en talweg (remise du cours d’eau dans son lit naturel), le reméandrage (retrouver l’aspect sinueux), le débusage (remise à ciel ouvert).
Les abreuvements directs du bétail au cours d’eau, peuvent entrainer des dégradations importantes pour le cours d’eau. Le piétinement créée des érosions qui dégradent l’habitat normalement disponible en pied de berge. La divagation des animaux dans le cours d’eau va participer au colmatage des habitats par les sédiments et une dégradation de la qualité de l’eau par les excréments directement déposés dans la rivière.
Afin d’éviter un tel impact sur la rivière il est conseillé d’écarter la clôture du bord de berge, et de s’équiper d’une pompe de prairie comme point d’abreuvement.